公益少年團的組織架構
公益少年團的組織，是以學校為基本單位。全香港各中、小學校，大部份都參加了公益少年團計劃而成為會員學校，校內任何學生成員都可申請成為公益少年團的團員。每間學校在校長的領導下，透過校內委派的教師，推行各方面有關公益少年團的活動。
理事會
公益少年團的最高決策機構是理事會，會長由教育局首席助理秘書長擔任，職責是確保公益少年團能夠達到既定的宗旨與目標；決定整體的政策；就公益少年團的整體發展提出意見；製訂指引，供執行委員會參考；確保公益少年團備有足夠的資源，以及有關資源得到妥善的運用。
執行委員會
公益少年團執行委員會是理事會的執行機構，主要職責是推行理事會製訂的所有政策和指引；檢討公益少年團活動的成效及向理事會建議可採取的改善措施；統籌及主辦全港性的公益少年團活動；以及為各分區和個別學校自行安排的活動提供意見和技術上的協助。
分區執行委員會
公益少年團共有18個分區執行委員會，各由區內的會員學校組成，分區執行委員會的職責是統籌和監察區內所有公益少年團活動。
會員學校
會員學校是公益少年團的基本組成部分，每間會員學校的校長須委派教師負責統籌或監督校內的公益少年團活動，並作為公益少年團辦事處及團員間的橋樑；而校長則可獲選參與策劃公益少年團分區執行委員會、執行委員會及理事會的事務。
公益少年團辦事處
公益少年團辦事處負責公益少年團的日常行政工作。該處負責為公益少年團團員登記會籍；與學校、其他政府部門及機構聯絡；建議、策劃、統籌以及主辦公益少年團的活動。
