公益少年团的组织架构
公益少年团的组织，是以学校为基本单位。全香港各中、小学校，大部份都参加了公益少年团计划而成为会员学校，校内任何学生成员都可申请成为公益少年团的团员。每间学校在校长的领导下，透过校内委派的教师，推行各方面有关公益少年团的活动。
理事会
公益少年团的最高决策机构是理事会，会长由教育局首席助理秘书长担任，职责是确保公益少年团能够达到既定的宗旨与目标；决定整体的政策；就公益少年团的整体发展提出意见；制订指引，供执行委员会参考；确保公益少年团备有足够的资源，以及有关资源得到妥善的运用。
执行委员会
公益少年团执行委员会是理事会的执行机构，主要职责是推行理事会制订的所有政策和指引；检讨公益少年团活动的成效及向理事会建议可采取的改善措施；统筹及主办全港性的公益少年团活动；以及为各分区和个别学校自行安排的活动提供意见和技术上的协助。
分区执行委员会
公益少年团共有18个分区执行委员会，各由区内的会员学校组成，分区执行委员会的职责是统筹和监察区内所有公益少年团活动。
会员学校
会员学校是公益少年团的基本组成部分，每间会员学校的校长须委派教师负责统筹或监督校内的公益少年团活动，并作为公益少年团办事处及团员间的桥梁；而校长则可获选参与策划公益少年团分区执行委员会、执行委员会及理事会的事务。
公益少年团办事处
公益少年团办事处负责公益少年团的日常行政工作。该处负责为公益少年团团员登记会籍；与学校、其他政府部门及机构联络；建议、策划、统筹以及主办公益少年团的活动。
